Muzeul de Speologie, înfiinţat în anul 2003, este singurul de acest gen din Europa. Pot fi văzute aici diferite feluri de roci care păstrează amprente ale unor animale dispărute cu mii de ani în urmă, cât şi obiecte şi instrumente folosite de renumitul biolog Emil Racoviţă. Muzeul a fost deschis în Turnul Cetăţii Vechi, din strada Sextil Puşcariu, cea mai veche construcţie de apărare a oraşului, singurul turn rămas până în zilele noastre din fortificaţiile Cetăţii Vechi. Turnul, care îşi pierduse funcţia militară, a fost utilizat ca închisoare, depozit, locuinţă.Muzeul Botanic din cadrul Grădinii Botanice „Alexandru Borza”, este printre puținele muzee botanice din ţară. Acesta adăposteşte diverse curiozităţi, puţin cunoscute. Adunate din diferite colţuri ale lumii, aici pot fi văzute cele mai mari seminţe din lume, plante care au suferit malformaţii genetice interesante, fosile de plante vechi de 70.000 de ani. Se găsesc aici şi curiozităţi create de mâna omului, ca o pictură pe funze de bambus, poşete şi şepci confecţionate dinciuperci, s-au un tablou realizat în întregime din plante care înfăţisează un autoportret (datând din anul 1910) unui conservator de la muzeul zoologic, cunoscut sub numele de Fülöp H. Pentru realizarea lui au fost folosite peste 600 de fragmente de plante: scoarţă, petale, radăcini şi altele. Interesante sunt şi rămăşiţele unor plante de aproape 70.000 de ani de pe teritoriul Românie, care au suferit modificări în urma schimbărilor climatice. Tot în cadrul Muzeului de Botanică se află şi o plantă care a trezit interesul oamenilor de ştiinţă din întreaga lume, pentru că reprezintă un exemplu de evoluție a speciilor, o fosilă vie în lumea plantelor, veche de peste 100 de ani.
În anul 1920, Virgil Cioflec, a donat Universităţii Pinacoteca Virgil Cioflec, în anul următor fiind expusă în clădirea Muzeului de istorie. Donaţia a cuprins 77 opere de artă plastică, semnate de N. Grigorescu, Şt. Luchian, N. Tonitza etc., colecţia ajungând prin completări ulterioare la 130 de piese. Aceasta a stat la baza Muzeului de Artă din Cluj, înfiinţat în 1951.
